E' l'organo di direzione politica, determina gli indirizzi generali dell'Ente e adotta gli atti fondamentali attribuiti dalla legge e dallo Statuto alla sua competenza. Dura in carica cinque anni.
I suoi componenti, nominati dal Presidente della Giunta Regionale, sono designati dalle organizzazioni rappresentative delle imprese, dalle organizzazioni sindacali dei lavoratori e dalle associazioni di tutela degli interessi dei consumatori.
Il Consiglio della Camera di Commercio di Varese, insediatosi in data 11 luglio 2007 per il mandato 2007/2012, è attualmente composto da 32 membri, così ripartiti:
| Agricoltura | Fernando Fiori |
| Commercio | Giorgio Angelucci Giovanni Lucchina Fabio Lunghi Aurelio Personeni Antonio Renoldi |
| Industria | Bruno Amoroso Alberto Castelli Maurizio Colombo Riccardo Comerio Candido Manzoni Mario Montonati Luigi Prevosti Alberto Sacchi Alberto Testa |
| Artigianato | Giuseppe Albertini Fermo Borroni Giacomo Ciriacono Davide Galli Daniele Parolo Renato Scapolan |
| Credito e Assicurazioni | Roberto Masola |
| Servizi alle imprese | Angelo Candiani Romeo Mazzucchelli Andrea Odobez Paolo Rolandi |
| Trasporti e Spedizioni | Emanuela Bertoni Giovanni Brugnoli |
| Turismo | Delio Riganti |
| Cooperazione | Claudio Marelli |
| Consumatori | Francesco De Lorenzo |
| Lavoratori | Marco Molteni |
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